종계로부터 유래되는 질병을 막아 양계농가의 질병피해를 막기위해 추진되고 있는 방역위생우수종계장 인증제도가 추진단체의 역할부족으로 제도 추진 2년이 지나도록 별다른 성과를 얻지 못하고 있어 이에대한 대책이 요구되고 있다. 더구나 같은 시기에 시작된 방역위생우수종돈장 인증제도의 경우 3년이 지난 지금 4개소가 인증을 받았고 상당수가 최종 인증을 위해 지역 가축위생시험소에 신청을 마쳐 현재 질병 발생여부에 대한 심사를 진행하고 있는 것과는 큰 대조를 이루고 있어 주목되고 있다. 방역위생우수종돈·종계장 인증제도는 지난 96년 9월 처음 도입된 이래 종돈장에 대한 인증은 수의과학검역원(당시 수의과학연구소), 종계장은 대한양계협회가 맡아 각각 추진키로 했던 것. 그러나 종계장의 경우 충남 광천의 광천종계장(대표 김영한)이 최종 인증심의위원회의 심의를 남겨놓고 있을뿐이며 충남의 J농장은 관할 가축위생시험소에 1년간 추백리와 가금티푸스, 닭마이코프라즈마병에 대한 비발생 인증 신청을 했다가 스스로 철회했고, 부산의 S농장은 뒤늦게 1년간 비발생 신청을 관할 가축위생시험소에 의뢰해 놓았을뿐 나머지 종계장들은 이에대해 관심조차 없는 것으로 드러났다. 이런 상황에도 불구 이를 적극 홍보해야할 대한양계협회조차 적극성을 보이고 있지 않으며 종계장들마저도 방역위생우수종계장 인증 신청을 할 경우긁어 부스럼을 만든다는 인식으로 인해 기피하고 있어 이 제도 정착에 걸림돌이 되고 있다. 양계업계 관계자들은 그러나 방역위생우수 종계장 인증제도가 적게는 종계장 자체를 살리는 길이며 나아가 양계농가 보호는 물론 국내 양계산업을 발전시키기 위한 길인 만큼 적극적인 자세가 필요하다고 강조했다. 이들 관계자들은 특히 방역위생우수종계장 인증을 받은 곳에 대해서는 각종 지원 혜택을 주되 그렇지 못한 종계장에 대해서는 패널티를 부과하는등강제적인 제도가 필요하다고 주장했다.
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