지난 94년부터 2004년까지 농어촌특별세 사업으로 추진될 유통개선을 비롯한 23개사업에 대해 예산편성 및 투자우선순위 재조정이 필요하다는 지적이 나왔다. 특히 농특세사업은 사업의 기본방향과 구체적 정책과제가 불충분한상태에서 시작했다는 점과 농어업인들의 피해보상이란 개념이 투융자에 거의 반영되지 않고 있다는 점 등은 시급히 개선해야 할 과제로 지목됐다. 최근 14개 대학과 5개연구기관 등 전문가 29명으로 구성된 농특세사업 중간평가단은 94년∼98년까지 23개의 농특세사업을 평가, 이에 대한 결과를 2001년 예산편성 및 투자우선순위 조정에 반영토록 농림부에 건의했다.이에 따르면 농특세사업 투자실적은 전체 15조원의 40.6%인 6조8백90억원을 지원한 상태로, 당초 계획대로 추진되고 있는 것으로 분석됐다. 분야별 투자실적에서 경쟁력분야가 계획보다 일부 줄어든 반면, 농어촌도로정비, 농어촌하수도정비, 주택개량, 농어업인연금제 등 환경개선분야와 복지증진부문은 계획비중보다 각각 0.9%포인트, 0.7%포인트늘어난 28.3%, 12.8% 등으로 조사됐다. 사업별 성과는 우선 경쟁력 강화분야에서 대구획재정리 6만7천ha,농산물물류센터 5개소, 포장센터 1백12개소건설, 친환경농산물생산단지3백98개소조성, 농신보출연 2천9백90억원, 임도 5천9백47km건설 등이다. 생활여건개선분야는 농어촌도로 1천7백39km확충, 농어촌하수도 9백71개소, 농어촌주택 10만동개량, 농어촌폐기물처리시설 24개소 건설,생활용수개발 2천8백44개소 등이고, 복지증진분야는 농업인연금 2천1백11억원지원, 보건소 2백57개소 신·증축, 민간병원 4백28개소지원,공공도서관 38개소건립 등의 성과를 올렸다.그러나 사업추진배경, 재원조달, 사업추진 방식 등에서 많은 문제점이 발견돼 농특세 사업계획 수정이 필요한 것으로 지적됐다. 농특세사업은 당초 농어업인의 피해보상을 위해 시작됐으나 농업인개인에게는 전체 보조액의 4.5%(2천3백78억원)밖에 배분되지 않고 있다. 또 매년 1조5천억원 정도를 투자하겠다고 사업물량이 아닌 금액기준으로 계획을 세웠기 때문에 목표달성이 어려워지는 사업이 생기고있는 실정이다. 사업추진 방식에서도 대구획경지정리의 경우 농업인들은 필지의 농로나 용·배수로 구조물화를 요구하고 있기 때문에 지속적인 대구획사업은 수정돼야 한다. 임도사업도 현지의 지역·지대별 특성을 고려해야 하나 단가를 획일적으로 적용하고 이 또한 방식을 바꿔야 한다는지적이다. 보조율 축소로 사업이 위축되고 있는 실정도 개선점으로 나왔다. 또유사성격의 사업이 각 부처에 분산돼 중복 투자가 우려돼, 주거환경개 선사업 등의 경우 관계기관을 일원화하는 방안도 검토돼야 한다는 주장도 제기됐다.
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