[한국농어민신문 이병성 기자]

정부, 지난 7월 세법개정 통해 
당기순이익 저율과세 연장 제외
농축협·수협 등 244곳 해당

다수 여야 의원 ‘연장 법안’ 발의
기재위 조세소위 심의 결과 관심

정부가 2020년 세법개정을 통해 대규모 조합법인의 법인세 과세특례를 제외키로 한 가운데 국회 기획재정위원회 심의에서 부활될지 귀추가 주목된다.

정부는 지난 7월 22일 농업부문의 조세감면 제도를 2년 연장하는 2020년 세법개정안을 발표하고, 부처협의 및 입법예고를 거쳐 지난 8월 25일 정부안을 최종 확정한 바 있다. 이에 따라 조세특례제한법과 지방세특례제한법에서 올해 말 일몰 기한이 도래하는 농업부문 조세감면 20개 제도가 2022년 12월 31일까지 2년 연장됐다. 또한 국회 기재위와 농해수위 야야 의원들도 농업부문 조세감면 연장을 골자로 한 조세특례제한법 일부 개정안을 다수 발의했다.

하지만 정부는 세법개정안에서 매출액 1000억원 또는 자산 5000억원을 초과하는 대규모 조합법인에 대해서는 당기순이익 저율과세 대상에서 배제해 논란이 제기돼 왔다. 정부 세법개정안이 그대로 시행되면 농축협, 수협, 산림조합, 신협, 새마을금고 등 244개의 대규모 조합법인은 일반법인과 동일한 법인세를 적용받는다. 농축협만 219개다. 

현행 조합법인 법인세율은 당기순이익에 따라 과세표준 20억원 이하 9%, 20억원 초과 12%를 구간별로 적용하고 있어 평균적으로 일반법인의 절반 수준으로 분석된다. 예를 들어 당기순이익 30억원을 낸 조합법인의 경우 20억원까지 법인세 9%를 적용하고, 20억원을 초과한 10억원에 대해 12%를 부과한다.

반면 일반법인의 경우 당기순이익 2억원까지 10%, 2억원 초과 200억원 이하 20%, 200억원 초과 3000억원 이하 22%, 3000억원 초과 25% 등의 4단계로 구분돼 있으며, 조합법인에 이 같은 기준을 적용하면 세금부담이 가중된다.  

이처럼 정부가 조세특례제한법에서 대규모 조합법인을 과세특례에서 제외했지만, 다수의 여야 국회의원들이 조합법인 과세특례 연장 법안을 발의해 놓고 있다. 이에 농축협 등 조합법인들도 과세특례를 현행 그대로 연장해 줄 것을 건의하고 있다. 특히 정부 방침에 따라 통폐합 구조조정과 경제사업 활성화를 추진하고 있는 농축협은 과세특례 축소가 부당하다며 국회 기획제정위원회 조세소위에서 과세 특례가 연장되길 기대하고 있다.

이에 앞서 전국 농축협 조합장들은 정부의 세법개정안에 대해 △농업부문 조세 감면 일몰기한 연장 △지역농협의 중소기업 지위 인정 △도농간 균형발전을 위한 고향사람기부금 제도 도입 등을 담은 ‘대정부·국회 건의문’을 지난 8월 4일 국회에 전달한 바 있다.

이와 관련 농축협 조합장들은 “농축협의 사업은 조합원인 농민에게 귀속하고 있으며 대규모 조합에 대한 과세특례를 제외하면 농협 규모화에도 걸림돌”이라며 “특히 농민이 생산한 농축산물을 판매하는 농축협에 대한 과세를 확대하는 것은 불합리하다”고 주장했다.

그러나 조합법인 과세특례가 축소되는 것에 대해 도시지역 조합의 책임론도 제기된다. 대도시에 소재한 조합의 59% 정도가 대규모 조합법인으로 분류되는데다, 도시지역 조합의 경제사업 실적이 농촌보다 저조하기 때문이다. 이로 인해 신용사업 위주로 막대한 수익을 올리는 도시지역 조합에 대해 농촌지역과 동일한 과세특례가 적용돼 그동안 특혜를 누렸다는 지적이다.

특히 농특위 좋은농협위원회에 따르면 농협중앙회 회원조합(농축협) 1118개 중에서 대도시(특광역시)에 114개가 있으며, 이중에서 67개인 59%가 대규모 조합법인으로 분류되고 있다. 또한 인구 30만명 이상 도시에 소재한 농축협 중에서 2018년 기준 자산 5000억원 이상인 곳이149개소이며, 경제사업 매출액 비중은 평균 49.8%로 농촌지역 74%보다 낮은 것으로 분석된 바 있다.

이에 따라 농협중앙회는 최근 세재대책위원회를 구성해 농업부문 조세감면 관련 제도의 추진현황을 점검했다. 특히 도시농협의 협동조합 역할을 강화해야 한다는데 의견을 같이했다. 또한 지역사회에 기여를 강화하면서 도농상생과 농산물 판매사업을 확대 계획에 대해 다양한 방안을 논의했다.  

이병성 기자 leebs@agrinet.co.kr