[한국농어민신문 이병성 기자]

총 9건, 2022년 12월까지 적용
대규모 조합 법인세 저율과세도 유지
올해 일몰 예정 지방세특례제한법 
농업부문 11건 달해 해결 급선무

지난 2일 국회 본회의에서 ‘조세특례제한법 개정안’이 의결돼 올 12월 말 일몰 예정이었던 농업용기가재 부가세 영세율 등 농업부문 조세감면 9건이 2022년 12월까지 2년 연장됐다. 농업계에서는 조세감면 제도가 일몰되면 농산물 생산비에 영향을 미쳐 가계 식탁물가 상승 요인으로 작용할 수 있다며 제도 유지의 필요성을 강조해 왔다.

이에 따라 국회를 통과한 농업부문 조세감면 항목은 △농업용기자재 부가가치세 영세율 적용(2019년 감면세액 1조1503억원) △조합 법인세 당기순이익 저율 과세(〃1568억원) △조합 3000만원 이하 예탁금 이자소득 비과세(〃825억원) △영농자녀 등이 증여받는 농지 증여세 감면(702억원) △조합원 1000만원 이하 출자금 배당소득 비과세(〃681억원) △8년 이상 축사용지 폐업 목적 양도소득세 감면(〃119억원) △농가목돈마련저축 이자소득세 비과세(〃 93억원) △농업인 직접수입 기자재 부가가세 면제(〃106억원) △농촌주택·고향주택 취득 시 양도소득세 특례 등이다. 이에 따른 조세감면 규모는 2019년 기준 1조5525억원에 달하는 것으로 집계된 바 있다.

특히 기획재정부의 세법개정안에서 제외됐던 대규모 조합법인의 법인세도 현행 그대로 2년 연장됐다. 조합법인의 당기순이익 저율과세 제도에 따라 당기순이익 20억원 이하는 9%의 세율을 적용하고, 20억원 초과는 12%를 적용하고 있다.

그러나 기재부는 매출액 1000억원 또는 자산 5000억원을 초과하는 대규모 조합법인은 법인세 저율과세 대상에서 제외하고, 일반법인과 동일한 기준을 적용하겠다는 입장이었다. 이를 적용하면 2019년 기준 농축협 219개, 수협 26개, 새마을금고 40개, 신협 22개 등이 해당된다.

일반법인의 법인세는 당기순이익 규모에 따라 최저 10%에서 최고 25%를 적용하고 있는데, 219개 농축협만 대상으로 분석해보면 765억원의 감면세액을 적용 받을 수 없을뿐더러 당기순이익 감소에 따른 농민 조합원 지원 축소 등의 문제가 우려됐다. 

이처럼 농업부문의 조세특례 연장이 확정됐지만, 지방세특례에서 농업부문 지방세 일부 제도가 아직 해결되지 않고 있다. 올해 말 일몰이 예정된 지방세특례제한법에서 농업부문은 모두 11건으로, 세법개정안에서는 자경농민 경작목적 농지·농업시설 취득세 50% 감면 등 8건에 대해 일몰기한을 연장키로 했다.

그러나 △농업인 융자 담보물등기 등록면허세 감면율 축소 △농업법인 설립등기 등록면허세 면제 △조합합병 시 취득세 감면율 축소 등 3건이 정부의 세법개정안에서 반영되지 않았다.

일몰 기한이 연장되지 않으면 농업인 담보물등기 등록면허세 감면율이 현행 50%에서 25%로 축소돼 농업인 부담세액이 118억원에 달한다. 또한 농업인의 대출금리 인상 요인으로 작용해 농가경영에도 직접적인 영향을 미친다는 것이다. 이와 함께 농업법인 등록면허세 20억원, 조합합병 취득세 2억원 등의 세액이 발생하는 것으로 분석됐다.

이에 지방세특례를 관장하는 국회 행정안전위원회 법안심사 제1소위원회 안건으로 올라온 가운데 4일 현재까지 처리를 앞둔 안건으로 분류돼 있는 상황이다. 이에 따라 12월 9일까지인 이번 정기국회에서는 사실상 물 건너간 가운데 임시국회에서 반드시 기존 제도를 연장하는 법안을 처리해야 한다는 주장이다.

이와 관련 농업계에서는 “조세특례제한법의 농업부문과 같이 지방세특례에서도 올해 일몰예정인 농업부문 항목들이 현행 그대로 연장돼야 한다”고 촉구한다.

이병성 기자 leebs@agrinet.co.kr