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농진청, 벼 2746개 엽록체 유전체정보 해독초고성능컴퓨터 활용

[한국농어민신문 서상현 기자]

농촌진흥청이 컴퓨터 1000대 용량의 초고성능컴퓨터를 활용해 벼 3000계통의 엽록체 유전체를 분석하고, 이를 통해 2746개의 엽록체 유전체정보를 완전 해독했다고 지난 12일 밝혔다. 농생명정보 빅데이터연구에 초고성능컴퓨터를 활용한 첫 사례다.

농진청에 따르면 엽록체 유전체에는 생산성을 좌우하는 광합성 유전자 등 핵심 유전자가 포하돼 식물의 유전적 다양성과 진화연구에 중요한 자료로 이용된다. 유전체 조립은 샷건(Shot gun) 방식이라고, 마치 산탄총으로 물체를 부셔놓은 것과 같은 유전체의 파편을 원래대로 끼워 맞추는 과정을 거치는데, 일반적인 컴퓨터로는 시간과 비용이 많이 소요된다. 그래서 현재까지 국제적으로 발표된 고품질 벼 엽록체 유전체는 10여개에 불과해 활용에 한계가 있었다. 이에 농진청은 2018년 초당 100조번의 연산이 가능한 초고성능컴퓨터를 도입했다. 또, 이를 활용해 각 나라 연구팀에서 발표한 벼 3000계통의 유전체 빅데이터를 분석해 3일 만에 2746개의 고품질 유전체를 조립했다는 설명이다.

이와 관련, 안병옥 농진청 유전체과장은 “벼 외에 다른 작물에도 적용해 품종을 구분하는 마커개발은 물론 새로운 육종기술을 연구, 개발하는데 적극 활용할 계획”이라고 전했다.

서상현 기자 seosh@agrinet.co.kr


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