국세청, 법인세 205억 추징
조세심판위 "감면 대상 해당"

농우바이오(사장 최유현)에 내려진 세금폭탄이 해소되면서 농업회사법인 체제의 종자회사들이 안정적으로 종자사업을 영위할 수 있는 계기가 마련됐다는 평가가 나오고 있다. 수입종자 대체 및 국내에서 육종한 종자의 수출확대를 위해 추진하고 있는 골든시드프로젝트 사업의 성공에도 긍정적인 영향을 미칠 것으로 보인다.

국세청은 지난 2016년 종자업체의 해외 채종사업이 작물재배업이 아닌 도매업이라고 분류하고, 농우바이오가 2011년부터 2015년까지 면제받은 법인세 205억원을 추진한 바 있다. 그런데 조세심판위원회가 최근 농업소득으로 인정하면서 이미 납부한 추징금을 취소하는 결정을 최종적으로 내렸다.

조세심판위원회는 ‘농업회사법인 농우바이오가 일련의 종자생산활동으로 발생한 소득에 대해 해당감면을 적용하는 것이 기업적인 농업경영을 세제측면에서 지원해 농업분야의 경쟁력을 강화하는 것이라는 점 등에 비춰, 원원종을 연구개발·재배해 원종을 생산한 후 계약에 따라 이를 국내·외 채종농가 등에게 제공해 생산하도록 한 나종자를 매입·가공해, 생산상품 종자를 판매함으로써 얻은 쟁점소득에 대해 조특법 제68조에 의한 감면대상소득에 해당한다’고 판단했다. 그리고 법인세를 취소하는 판결을 내렸다. 조세특례제한법 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등)에는 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해 법인세가 면제된다.

이와 관려 최유현 사장은 “이번 조세심판위원회의 결정을 환영한다”며 “대한민국 종자산업 발전을 위해 합리적인 판단을 해준 조세당국에 감사의 뜻을 전하고, 이를 계기로 더욱 노력해 농우바이오를 세계 속에 우뚝 설 수 있는 종자 기업으로 육성해나가겠다”고 밝혔다.

서상현 기자 seosh@agrinet.co.kr