농업회사법인 종자기업에 대해 국세청이 법인세를 부과하면서 논란이 되고 있다. 국세청의 경우 위탁채종은 농업소득이 아닌 도매활동으로 면세조건에 해당되지 않는다는 판단이다. 그러나 한국종자협회(회장 이종우)는 종자업에서 원원종 및 원종 생산, 나종자(보급종자)생산까지의 일련의 과정이 표준산업분류상 ‘작물재배업’이라며 반박하고 있다. 또한 작물재배업에서 발생하는 소득에 대해 조세특례제한법에 근거해 법인세를 감면받을 수 있다고 해석한다. 쟁점과 문제점을 간추렸다.

“법인세 감면혜택 취지는 농업인 보호 위한 것, 종자회사 보호는 아냐”
경영부담 가중·R&D 투자여력 상실…종자산업 자체 위기 우려 목소리

▲주요쟁점=농업회사법인 종자기업이 육종한 원종으로 판매할 종자를 해외에서 위탁생산을 한 후 국내에 반입해 가공(포장)·판매를 한 경우 조세특례법의 규정에 따라 법인세 감면을 받을 수 있느냐가 쟁점이다.

그런데, 종자증식체계에 따르면 상업성이 우수한 품종이 개발됐다고 해서 곧바로 농가에 판매되는 것이 아니라 종자를 대량으로 증식하는 일정한 단계를 거친다. 즉, 종자기업이나 개인육종가 등에 의해 육성된 신품종이나 기존 품종의 경우 유전적으로 고유한 특성을 보유하고 있는 종자증식의 근원이 되는 종이 있는데, 이것을 ‘원원종’이라 한다. 또한 원원종을 재배해 생산한 종자를 ‘원종’이라 하며, 원종을 일반적인 방법으로 재배한 후 이형주(형태가 다른 개체)를 제거하고 채종한 것을 나종자(보급종)라고 한다. 나종자를 채종한 후 가공, 포장을 해서 농가에 판매하는 것이다. 그런데 종자기업이 나종자를 해외에서 위탁생산할 경우 작물재배업으로 볼 수 없다는 것이 국세청의 입장이다. 뿐만 아니라 ‘소득이 있다면 세금을 내는 것이 당연하다’고 주장도 있다. 현재 ‘농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률’ 19조에 따르면 농업회사법인은 농업경영이나 농산물 유통·가공·판매를 기업적으로 하기 위해 설립된 법인이다. 또 농업회사법인의 경우 노동력 부족 등으로 농업경영이 곤란한 농업인들의 농작업을 대행하는 ‘위탁영농회사’로 시작됐다가 현재의 명칭으로 바뀌었다. 그런데 농업회사법인에 법인세 감면혜택을 준 것은 농업인들을 보호하기 위해서이지 종자회사를 보호하기 위해서가 아니란 것이다. 충북의 종자기업 대표자는 “농업회사법인의 법인세 감면의 경우 농민들의 농업소득을 면제해주니까 농사를 짓는 농업회사법인도 농업소득을 면제해주자는 것이 취지이지 종자기업의 활동과는 다르다”는 해석을 내놓았다.

▲법인세 부과의 문제점은=법인세 감면이 안 될 경우 국내종자산업에 미칠 영향은 훨씬 심각하다. 한국종자협회 회원사 59곳 중 27개사가 농업회사법인인만큼 법인세 감면이 안 될 경우 경영부담 가중 및 R&D 투자여력의 상실로 종자산업자체가 위기를 맞을 수 있다는 게 종자기업들의 하소연이다. 따라서 종자기업들은 한국종자협회를 중심으로 국세청입장의 문제점을 조목조목 반박하고 있다.

이에 따르면 농업회사법인은 작물재배업에서 발생하는 소득에 대해 조세특례제한법 68조에 근거해 법인세를 감면받을 수 있다는 게 한국종자협회의 해석이다. 농업회사법인에 대해 2018년 12월 31일까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물 외 작물재배업 발생소득 중 대통령령으로 정한 범위의 금액에 대해 법인세를 면제하는 것으로 돼 있기 때문이다.

특히 종자업에 있어 원원종 및 원종 생산, 나종자 생산까지의 일련의 과정이 ‘한국표준산업분류’에서 ‘작물재배업’에 포함돼 있다. 그런데 나종자를 해외에서 위탁생산하는 것에 대해 국세청이 ‘종자 및 묘목도매업’으로 분류한 것은 위탁계약의 내용을 잘못 해석한 것이란 게 종자업계의 주장이다. 나종자의 해외위탁생산은 도매업이 아니라 ‘도급계약에 의해 일의 완성을 계약한 것’에 불과하다는 것이다.

뿐만 아니라 국세청의 해석은 해외위탁 생산의 불가피성을 이해하지 못한 것이란 게 종자기업들의 주장이다. 경기지역의 종자기업 대표자는 “우리는 농업회사법인을 설립한지가 얼마 되지 않아 이번 사태와 직접적 관계는 없지만 크게 봤을 때는 국세청이 국내 종자산업의 현실을 너무 모르는 것 같다”며 “원원종과 원종은 유전적 순도유지를 위해 종자기업이 직접 생산하지만, 농가판매를 위한 대량증식이 목적인 나종자는 국내외 어떤 기업이든지 위탁생산을 한다”고 전했다. 대량증식과 타 품종 등의 혼입방지를 위해서는 격리돼 있는 넒은 채종지가 필요한데 국내에서는 확보하기 힘들기 때문에 해외채종을 한다는 것이다. 또한 국내 채종을 통해 파종시기 이전에 종자를 공급하는 것이 현실적으로 어렵다는 것도 이유다. 나종자 생산을 종자기업의 주된 산업활동으로 판단해 법인세를 부과하는 것도 잘못됐다는 게 업계의 주장이다. 종자협회 관계자는 “종자생산에 있어 핵심은 원원종, 원종의 생산이고, 종자업의 부가가치는 품종을 만드는 단계에서 대부분 발생하는 만큼 나종자 생산을 주된 산업활동으로 판단하는 것 자체가 잘못됐다”고 전했다.

농림축산식품부도 위탁채종활동의 경우 종자산업법 제2조에 따른 종자생산활동에 해당된다고 해석하고 있다. 즉, 종자기업이 권리를 소유하고 있는 원종을 재배농가에 공급한 후 파종부터 종자수매까지 전주기적 생산관리를 통해 나종자를 생산하고 있다는 것이 이유다. 뿐만 아니라 소비자와의 문제발생 시 책임을 종자기업이 전담하고 있는 것을 고려하면 위탁채종도 종자생산을 위한 활동으로 해석된다는 것이다.

서상현 기자 seosh@agrinet.co.kr