우리나라 종자산업의 근간을 흔들 수 있는 세금폭탄에 관련업계가 망연자실하고 있다. 국세청이 국내 종자업계 1위 기업인 ㈜농우바이오에 2011년 법인세 37억4400만원을 부과한 것이 종자업계에 알려지면서 파장이 일고 있는 것이다.

국세청, 농우바이오에 2011년 법인세 37억여원 부과
업계·농민단체 반발 "정부 종자육성정책과도 배치" 

(사)한국종자협회(회장 이종우)와 업계에 따르면 국세청 중부지방청이 종자업에 대해 위탁채종은 농업소득이 아닌 도매활동의 일부로 판단하고 면세조건에 해당하지 않는다는 이유로 지난 10일 ㈜농우바이오에 37억원이 넘는 법인세를 부과했다. 이런 내용은 ㈜농우바이오가 주식시장에 공시를 하면서 알려졌는데, 주식이 폭락하는 등 여파가 커지고 있다.

특히, 세무당국은 지난 15일에는 2012년부터 2015년까지 농업회사법인에 적용된 세금감면을 불인정해 150억원의 추징금을 추가 예상 고지한 상태다.

그러나 업계설명에 따르면 농업회사법인 종자기업의 농업소득에 대해서는 조세특례제한법 제68조의 규정에 따라 법인세 감면혜택을 받아왔다. 또, 종자기업의 경우 기후변화에 따른 국내에서의 채종적지 확보 어려움, 지가 및 노임의 상승 등으로 해외에서 위탁채종을 해서 들여오고 있다. 그런데, 이런 행위를 놓고 국세청이 종자를 국내가 아닌 해외에서 위탁생산할 경우 작물재배업으로 볼 수 없다는 해석을 내린 것이다. 만약, 국세청이 농산업의 특수성을 무시하고, 현재와 같은 입장을 고수한다면 국내종자기업은 고사위기에 처할 것이란 게 업계의 입장이다. 27개 내외의 종자기업이 농업회사법인 형태이기 때문이다.

이에 관련업계는 종자를 생산·판매하는 종자기업의 활동은 명백한 농업활동이며, 지금까지의 관례가 한순간에 도매업으로 분류된 것은 도저히 이해할 수 없다며 반발하고 있다. 업계 관계자는 “위탁채종은 종자업계의 종자생산을 위한 정상적인 활동이었으며, 국세청처럼 해석할 경우 살아남을 종자기업이 거의 없다”며 “정부주도의 ‘골든시드프로젝트(GSP)’에도 큰 타격을 주는 조치”라고 강조하고 있다.

골든시드프로젝트는 우량품종개발 및 종자수출 확대, 수입대체를 통한 종자강국 실현을 위해 2012년부터 정부와 민관이 함께 추진하고 있는 사업이다. 또한 국세청의 입장은 농림축산식품부의 종자육성정책과도 배치된다. 농식품부는 2013년부터 2017년까지 추진되는 종자산업육성 5개년 계획에 따라 종자산업 경쟁력 향상을 뒷받침하고 있다.

이에 한국종자협회는 농림축산식품부장관, 기획재정부장관, 국세청장 앞으로 보낸 탄원서를 통해 “농업회사법인 종자기업에 대한 부당한 세금징수는 정부에서 추진하는 골든시드프로젝트 사업, 종자산업 육성 방안 마련 등의 정책에 찬물을 끼얹는 행위”라고 지적하고 “종자산업에 대한 부당하고 부정확한 해석으로 국세청의 세금징수가 현실화된다면 국내 종자산업은 기반자체가 흔들려 영세한 국내기업들이 외국기업에 인수되는 등 우리나라는 종자주권을 잃게 되고 말 것”이라고 호소했다. 또한 종자협회는 “국세청에서 진행 중인 농업회사법인 종자기업에 대한 도매업 분류는 부정확한 해석이고, 그에 따른 세금징수는 부당하다”는 골자의 탄원서를 제출했다.

농민단체들도 반발하고 있다. 한국농업경영인중앙연합회(회장 김진필)는 17일 성명을 내고 “지속가능한 미래 생명산업으로서의 농업의 중요성과 잠재력을 발휘하는 일에 앞장서야할 정부당국이 ‘선무당 사람 잡기’식의 조세정책으로 이를 훼방, 좌절시키는 우를 범해서는 안된다”며 국세청의 소급 중과세 방침 철회를 요구했다.

서상현 기자 seosh@agrinet.co.kr